所得する細かな手続きよりも肝心なポイントとして、納税証明書は知事許可か大臣許可か。また、法人か個人事業主かによって「どこで」「どのように」取得するかが大きく変わってきます。
以下でご説明いたします。

知事許可の場合

法人の場合

直近の事業年度の法人事業税の納税証明書を営業所のある市町村の管轄の「都道府県税事務所」で納税証明書を取得してください。
なお、もし法人事業税を納付する必要が無かった場合でも、「納付すべき額0円」記載の納税証明書が必要になりますのでご注意ください。

管轄の「都道府県税事務所」はコチラ

※都道府県税事務所と税務署は別です！
なんとなく名前が似ているので混同しがちですが、
●税務署＝「国税」に関する役所
●都道府県税事務所＝「都道府県税」に関する役所
です。
法人事業税は都道府県税ですので、都道府県税務署になります。

個人事業主の場合

直近の「個人事業税」の納税証明書をお住まいの市町村の管轄の「都道府県税事務所」で納税証明書を取得してください。

管轄の「都道府県税事務所」はコチラ

なお、証明書申請時の「年度表記」にご注意ください。
たとえば、平成29年1月～平成30年12月の課税分を取得する場合は、「平成29年度」ではなく「平成30年度」と申請書に記入してください。
納税証明書の表記は「平成30年度」となります。

個人事業税が非課税か納付時期が未到来の場合

このようなケースの場合、個人事業税の納税証明書は発行されません。

発行されない場合の対応方法

「申告所得税」の納税証明書「その２」に、「事業所得金額」の証明記載を受けたものを、管轄の「税務署」※で取得して下さい。
※個人事業税も都道府県税ですが、個人事業主の場合には都道府県税事務所への申告はせず、税務署に所得税（国税）の確定申告をしたときに税務署から都道府県税事務所に連絡がなされます。ですので、申告所得税の納税証明書等は税務署で取得します。

なお、納税証明書「その２」の取得時には、証明を受けようとする事項「事業所得金額の証明」に忘れずにチェックしてください。

また、取得時の注意点として、申告所得税の納税証明書は、年度表記ではなく「年分」の表記になります。
たとえば、平成29年1月～平成30年12月の課税分を取得する場合は、「平成29年分、平成29年1月1日～平成30年12月31日」と申請書に記入してください。
納税証明書の表記は「平成29年分」となります。

大臣許可の場合

法人の場合

法人税の納税証明書「その１」を、管轄の税務署で取得して下さい。

個人事業主の場合

申告所得税の納税証明書「その１」を、管轄の税務署で取得して下さい。

取得する際に必要なもの

従業員等が代理で取得することも可能ですが、その場合は社長本人が取得する場合と持ち物が異なりますので、以下にまとめております。

その他の注意点

新規開業でまだ決算期をむかえていない場合

当然ですが納税証明書は発行されませんので、この場合は、税務署や都道府県税事務所へ提出した「法人設立届」、「開業届」、「事業開始等申告書」の控えを添付します。

税金が未納の場合

未納でも納税証明書は発行されますし、納税は建設業許可の要件ではありませんが、必ず納税を済ませてから取得してください。なぜなら、建設業許可申請の際に窓口で証明書記載の未納税額について、建設業許可申請時に指導されるケースがあるからです。

なお、建設業許可と異なり、公共工事に参加する際の経営事項審査・入札参加申請にあたっては未納が無いことが申請要件になります。