建設業許可の手続きを申請し受理されたものの、例えば、選任しようとしていた専任技術者の候補者が家庭の事情で申請会社からの退職を余儀なくされてしまうなど、何らかの事情で許可通知書の交付を受ける前に手続きを撤回しなければならない場合もあり得ます。

この点に関し、大臣許可の場合と知事許可の場合で一旦窓口で納付したお金を返してもらえるかどうか差があります。

大臣許可の場合は、納付したお金は登録免許税の納付として扱われます。役所の審査が終了し許可が行われるまでに申請手続きを撤回（取り下げ）した場合には、この登録免許税については返還（還付）の手続きをとることができます。

一方、知事許可の場合は「審査手数料」としての納付の性質を有しています。申請が受理されると同時に審査手続に入ったことになるため、申請手続を撤回（取り下げ）する場合でもこの手数料は返還されません。これは、受付段階で発見されなかった事由により不許可になるケースでも同じです（例えば、申請者の役員の欠格事由に気が付かないまま申請して受け付けられた後に、役所の調査で欠格事由が発覚し、許可が得られない場合など）。

納付した審査手数料を無駄にしないためにも、申請手続にあたっては許可を妨げる事由が存在していないかどうか、慎重な調査、判断が必要といえましょう。

なお、大臣許可であっても、業種の追加や更新手続においては、撤回（取り下げ）した場合でも還付の手続きは取れませんので注意が必要です。