許可申請の際には書類への押印が必要で、使う印鑑の種類や捨印にも注意する必要があります。
まず、申請者（個人または法人）や書式によって使う印鑑が異なります。

（１）申請者の実印

一番重要なのが申請者の実印で、法人の場合は法務局に登記している代表者印、個人事業主の場合は住所地の市区町村役場に登録している実印です。

（２）個人の実印

これ以外に必要になる実印は「経営業務の管理責任者証明書」（様式７号）や「実務経験証明書（様式９号）」「指導監督的実務経験証明書（様式１０号）に押印する証明者が第三者で個人の場合です。この場合は「証明者」欄の印鑑の押印箇所に個人の実印を押印することになります。

（３）記載者の認印

これらに対して「経営絵業務管理責任者略歴書（様式第７号別紙）」や「許可申請者（法人の役員・本人・法定代理人）の住所、生年月日等に関する調書（様式第１２号）「建設業法施行令第３条に規定する使用人の略歴書（様式第１３号）では、それぞれ記載者自身の認印を押印します。

なお、申請者の代表印や実印を押印する書式については、上部の余白に捨印を押す場合があります。捨印とは、あらかじめ押しておく訂正印であり、捨印を押印しておくことで、万が一提出時に軽微なミスが発見された場合はその場で訂正することが可能です。捨印を押印しておくことは、特に申請者本人以外の人が提出に行く場合に有効です。たとえば法人において社員が提出に行く場合や行政書士に提出代理を依頼する場合です。
ただし、各都道府県の管轄窓口によっては捨印による訂正を認めていない場合がありますので、あらかじめ確認しておくとよいと思います。